De franchise begon met het verhaal van drie vrienden — Sora, Riku en Kairi — die op de vredige Destiny Islands woonden. Hun leven wordt overhoop gehaald wanneer hun thuis wordt opgeslokt door duisternis en schaduwwezens die bekendstaan als Heartless.

Sora wordt gekozen door een mysterieus wapen genaamd de Keyblade en wordt meegesleurd in een zoektocht door het multiversum om zijn vrienden te vinden.

Ondertussen verlaat Koning Mickey Mouse zijn kasteel om de opkomende duisternis te onderzoeken en geeft hij zijn hofmagiër Donald en ridder Goofy de opdracht om 'de sleutel' te vinden. Het trio ontmoet elkaar in Traverse Town en vormt een bondgenootschap dat de basis vormt voor de gehele serie. De ontwikkeling was een mijlpaal in de samenwerking, waarbij de expertise van Square Enix in RPG-mechanieken werd gecombineerd met de enorme bibliotheek van Disney aan filmwerelden, zoals die uit 'De Kleine Zeemeermin', 'The Nightmare Before Christmas' en 'Hercules'.