Nadat ze wees werden samen met zijn jongere broer Mokuba, bracht Seto zijn vroege jeugd door in een weeshuis totdat de rijke industrieel Gozaburo Kaiba de instelling bezocht. Seto zag een kans en daagde Gozaburo uit voor een potje schaken op voorwaarde dat Gozaburo beide broers zou adopteren als Seto zou winnen.

Seto als winnaar uit de bus, maar Gozaburo onderwierp hem aan een slopend academisch en bedrijfsmatig regime dat erop gericht was hem te vormen tot een koele bedrijfsopvolger. Uiteindelijk gebruikte Seto Gozaburo's wreedheid tegen hem door 51% van de aandelen van KaibaCorp te verwerven via een vijandige overname.

Hiermee werkte hij zijn adoptievader de deur uit en nam hij de leiding over het conglomeraat over. In de anonieme Egyptische geschiedenis was Kaiba's vorige leven Priester Seto, hogepriester en neef van Farao Atem. Priester Seto vormde een diepe spirituele band met Kisara, een vrouw wiens innerlijke geest zich manifesteerde als de legendarische Blauwe-Ogen Witte Draak, wat zorgde voor een kosmische connectie die millennia overstijgt.