物語の中心となるのは、ほぼ全ての人間が何らかの超常能力を持つ社会において、「個性」を持たずに生まれた少年・緑谷出久（「デク」）です。幼馴染の爆豪勝己（「カッチャン」）から絶えずいじめを受けていた出久の運命は、世界No.1プロヒーローであり「平和の象徴」であるオール・フォー・ワンならぬオールマイト（本名：八木俊典）と出会ったことで大きく動き出します。そのヒーロー精神を認められた出久は、オールマイトの後継者として力を蓄える「個性」ワン・フォー・オールを受け継ぐことになります。彼は雄英高校のヒーロー科に入学し、担任の相澤消太（「イレイザーヘッド」）のもと、麗日お茶子（「ウラビティ」）や轟焦凍らのクラスメイトと共に1年A組で訓練に励みます。 雄英高校の外部でも、社会はエンデヴァー（轟炎司）、ホークス（鷹見啓悟）、ベストジニスト、ミルコ、そしてアメリカNo.1ヒーローのスターアンドストライプといったトッププロヒーローたちに支えられています。彼らは、死柄木弔（志村転狐）や太古のヴィランであるオール・フォー・ワン率いる危険な一派、そしてそれを支える荼毘（轟燈矢）、トガヒミコ、分倍河原仁（「トゥワイス」）、迫圧紘、黒霧、スピナーといったヴィラン連合の主要メンバーに対する防衛線となっています。 キャラクターのネットワークは、雄英高校のエリートである3年生の「ビッグ3」（通形ミミル、波動ねじれ、天喰環）、サポート科の生徒である発目明、心操人使、さらにはスピンオフ作品『ヴィジランテ-僕のヒーローアカデミア ILLEGALS-』に登場する無許可のヒーローたち（灰廻航一、ポップ☆ステップ、ナックルダスター）へと広がっていきます。