ファンコは1998年に、ボブズ・ビッグ・ボーイのレストランの貯金箱型ボブルヘッドを皮切りに、ローテクでノスタルジーをテーマにしたアイテムの製造からスタートしました。1999年の「オースティン・パワーズ」のライセンス契約が転機となり、8万個を売り上げてファンコのライセンスモデルを確立し、長期にわたる「Wacky Wobblers」シリーズの立ち上げにつながりました。2005年、ベッカーは事業をブライアン・マリオッティに売却し、本社をワシントン州リンウッドに移転して、主要エンターテインメントスタジオとのパートナーシップを積極的に拡大しました。 同社の決定的な瞬間は、2010年のサンディエゴ・コミコンで「Funko Force 2.0」が初披露されたことでした。これは、2011年のニューヨーク・トイ・フェアでのバットマン（#01）を伴う世界展開の前に、「Funko Pop!

Vinyls」へと迅速にリブランドされました。ファンコは爆発的な国際的成長を遂げ、2013年にはファンダメンタル・キャピタル、2015年にはACONインベストメンツによるプライベート・エクイティ買収を引き付けました。2017年11月にはNASDAQ（FNKO）への新規株式公開（IPO）を果たし、同年にはファッションブランドのラウンジフライ（Loungefly）を買収し、エバレットの本社フラッグシップ店をオープンしました。 その後数年間にわたり、ファンコは「Funko Games」（2019年）によるテーブルトップボードゲーム、WAXブロックチェーン上のデジタルNFTコレクション（2021年）、モンド（Mondo）を通じたハイエンドのスクリーン印刷およびコレクションアイテム（2022年）、そして『Funko Fusion』（2024年）のようなビデオゲームへと事業を拡大しました。2025年に就任した最高経営責任者（CEO）ジョシュ・サイモン陣頭のもと、ファンコは累計販売数10億個のマイルストーンを突破し、2026年には制作会社のライドバック（Rideback）と大規模な複数プロジェクトにおよぶ映画・テレビの契約を締結しました。