Als Sohn von Mikoto und Fugaku Uchiha wurde Itachi im Alter von vier Jahren während des Dritten Großen Ninja-Krieges mit den Schrecken des Kampfes konfrontiert. Die traumatischen Verluste, die er miterlebte, prägten eine lebenslange pazifistische Geisteshaltung.

Nachdem er im Alter von fünf Jahren seinen jüngeren Bruder Sasuke willkommen geheißen hatte, schloss Itachi eine enge Freundschaft mit Shisui Uchiha, der sein vertrauter Mentor und Kamerad wurde. Itachi trat mit sechs Jahren in die Ninja-Akademie ein und schloss diese in nur vier Monaten als bester Schüler der Nachkriegszeit ab.

Mit acht Jahren erweckte er sein Sharingan, nachdem er den Tod seines Teamkameraden Tenma Izumo miterlebt hatte, und mit zehn Jahren bestand er die Chūnin-Auswahlprüfungen im Alleingang. Mit elf Jahren trat er unter der Führung von Kakashi Hatake der Anbu bei, bevor er zum Anbu-Hauptmann aufstieg. Als die politischen Spannungen zwischen dem Uchiha-Clan und Konohas Führung ihren Höchststand erreichten, diente Itachi als Doppelagent. Nachdem Shisui ihm sein Mangekyō Sharingan anvertraut und Selbstmord begangen hatte, beschloss Itachi, Danzos Ultimatum auszuführen und das Clan-Massaker durchzuführen, um Sasukes Überleben zu sichern.