Som forældreløs sammen med sin yngre bror Mokuba tilbragte Seto sin tidlige barndom på et børnehjem, indtil den rige industrialist Gozaburo Kaiba besøgte institutionen. Seto så en mulighed og udfordrede Gozaburo til et spil skak på den betingelse, at Gozaburo ville adoptere begge brødre, hvis Seto vandt.

Seto gik sejrsmærket ud af kampen, men Gozaburo udsatte ham for et opslidende akademisk og virksomhedsmæssigt regime, der skulle forme ham til en kold virksomhedsarving.

Seto endte med at vende Gozaburos grusomhed mod ham selv ved at opkøbe 51 % af KaibaCorps aktier gennem et fjendtligt overtagelsesforsøg, vælte sin adoptivfar og overtage kontrollen med konglomeratet. I det gamle Egypten var Kaibas tidligere liv Præst Seto, ypperstepræst og fætter til Farao Atem. Præst Seto dannede et dybt åndeligt bånd med Kisara, en kvinde hvis indre ånd manifesterede sig som den legendariske Blå-Øjne Hvide Drage, hvilket skabte en kosmisk forbindelse, der overskrider årtusinder.